一是在国家层面，缺乏顶层规范军民融合发展的法律。目前所出台的政策多以“意见”、“办法”等为主，缺乏法律效力，权威性、综合性不够。
二是在法规层面，缺乏系统的衔接协调。
三是在政策层面，部分政策存在责权利不清晰，如军民协同创新知识产权相关政策；部分政策存在不公平、操作性和适用性不强等问题，如军品免税、军工固定资产投资相关政策；部分政策更新滞后，如军民通用标准、国防科技成果解密相关政策，这些问题直接影响了军民融合的深度和广度。
四是我国现行的科技管理体制存在军民分割、多头管理的现象，军民协同创新具体由哪个机构来统筹协调尚无定论。
五是军、民口科技主管部门之间自谋其政得多，倾向在自己系统内布臵科研任务、分配科研经费，造成大量科研资源浪费。
六是缺乏军用技术向民用领域转移的激励机制和考核监督机制。军技民用主要是自发行为，尚未成为军工单位的法定职责，技术转移的外在约束和内在动力不足，目前仍以内部转化为主。
七是民用技术向国防转移的关键环节缺乏系统有效的支持。